1.社寺林として
　男山は石清水八幡宮の鎮守の森として、人手が加えられていない所が、わずかに境内のまわりに残されている。　それはいわゆる照葉樹の極相林の様相を呈している。

　主な樹種は、常緑広葉樹のアラカシ、スダジイ、ヤブツバキなどでその他、神社の縁起物あるいは防火用として植えられたと思われる、イチイガシ、オガタマノキ、サカキ、ヒサカキ、シキミ、カゴノキ、クスノキ、タブノキ、タラヨウ、ナナミノキ、針葉樹ではカヤ、スギ、ナギなどがある。




2.名所旧跡として
　四季を彩る落葉広葉樹として、境内にはソメイヨシノをはじめ、オオシマザクラ、ヒカンザクラ、ヤエザクラなどの桜類や紅葉楽しむイロハカエデ、イチョウ、エノキ、ケヤキ、ムクノキの他センダンなどもある。　その他アキニレ、アベマキ、カラスザンショウ、コナラ、などの落葉広葉樹が混じっている。

　庭園樹として落葉樹のアンズ、ウメ、キンシバイ、コブシ、サルスベリ、サンシユ、ハクモクレン、ヒモクレンや、常緑樹のカクレミノ、カナメモチ、キョウチクトウ、キンモクセイ、ギンモクセイ、クチナシ、ゲッケイジュ、サザンカ、サンゴジュ、シキミ、シラカシ、タイサンボク、トベラ、ナンテン、ハクチョウゲ、モチノキ、クロガネモチ、モッコクの他、針葉樹のクロマツ、カイズカイブキなどがある。

　さらに縁起物としてマンリョウ、イズセンリョウ、ヤブコウジなどが植えられている。　また、イスノキ、カラマツ、メタセコイヤ、オカメザサ、クマザサ、ヤダケ、果てはバリバリノキまで見ることができる。

3.散策路としての沢筋
　男山は石清水の名の由来通り湧水があるため、いくつかの沢がある。　特に斜面東側の｢志水坂｣と｢木樵り谷｣、そして斜面北側の｢不動明王筋｣の遊歩道に沿って、常に水が流れている。　沢の両側は急峻な勾配なため、沢付近は薄暗く湿った環境である。　そこは草本のシャガ、ヤマアイ、ヤブミョウガ、リョウメンシダなどに被われ男山独特な雰囲気を醸し出し、市民の憩いの場として親しまれている。

　主な樹種は落葉樹としてアオハダ、イヌビワとその変種ホソバイヌビワ、コマユミ、常緑樹としてアオキ、コクサギ、シロダモ、ヤブニッケイ、アリドオシと区別が難しいニセジュズネノキなど陰樹の他、アカメガシワ、ウツギ、ウワミズザクラ、エノキ、キリ、クマノミズキ、ケヤキ、ムクノキ、ムクロジの落葉樹に、アラカシ、クスノキ、タラヨウ、ネズミモチなど常緑樹がある。　尚、一部に繁茂したカギカズラが見られる。　里近くに崖崩れを起こしたと思われる所にはハリエンジュ、オオバヤシャブシが植えられ大きく育っている。

4.里山と人工林として
　男山の南側は殆んどが竹林である。タケノコを生産するモウソウチク林が多いが、荒れ放題の竹林も多い。　また、場所によってはマダケとハチクが隣りあっている所もある。


　男山西側は、標高1４２．５mの鳩が峰があり、その殆んどが私有地の山林である。頂上付近の尾根筋にヤマモモ、ソヨゴ,アセビ、シャシャンボ、ヒサカキなど常緑樹の極相に近い状態の所が一部あるが、大部分は、アベマキ、稀に クヌギ、コナラ、クリ、リョウブなどの薪炭林であった形跡が残っている。　一部スギ、ヒノキ、サワラが植林された所があるが、今では手が加えられなくなり、モウソウチクが侵入している。　かつて里山であったが、薪炭の生産もなく、下草刈りも行われていないのでミヤコザサに覆われ、文字通り薮と化している。


　その他、アカメガシワ、エゴノキ、カマツカ、カラスザンショウ、クサギ、コシアブラ、コバノガマズミ、ゴンズイ、スノキ、ナツハゼ、ナワシログミ、ニワトコ、ネジキ、フユザンショウ、ミツバツツジ、モチツツジ、ムラサキシキブ、ヤブムラサキ、ヤマザクラの他、ヌルデ、ハゼノキ、ヤマハゼ、ヤマウルシのウルシ類、アカマツ、ネズミサシなど針葉樹があり、野生と思われるカゴノキ、クスノキの巨木も多い。　また、クロバイ、ヤマナラシの群落もあり、アカシデ、イソノキ、イヌガシ、タマミズキ、ヤマコウバシ、なども散見される。

　蔓性の植物としては、フジ、ヤマフジ、ナツフジ、サルトリイバラ、テイカカズラなどがある。